История авиакомпании начала развиваться в 1957 году с выполнения первого гражданского полета с военного аэродрома в Новосибирской области, который принадлежал Толмачёвскому объединенному авиаотряду. Именно на базе этого авиаотряда была создана компания «Сибирь». С тех пор, с 2005 года, авиакомпания выполняет полеты под названием S7 Airlines.
В мае 2012 года авиакомпания «Сибирь» отметила свое 20-летие как независимая организация.
S7 Airlines является членом мирового авиационного альянса oneworld, лидера в области обслуживания пассажиров. Авиакомпании oneworld расположены на всех континентах и предлагают полеты в 150 стран мира.
Компания S7 Airlines, вместе с авиакомпанией «Глобус», международным туроператором С7 Тур, сетью продажи билетов и турпакетов С7 Билет, а также другими компаниями, занимающимися авиаперевозками, входит в состав Группы компаний S7.