Грузовая компания с названием «Новотранс» была основана в 2004 году в качестве оператора по перевозке угля для АО ХК «СДС-Уголь», которое является дочерней компанией крупного сибирского холдинга «Сибирский Деловой Союз». За годы своей работы компания превратилась в одного из главных игроков на рынке железнодорожного передвижного состава в России и СНГ.
В июне 2015 года, после того как компания сменила своего владельца, был введен новый стиль управления, который привел к обновлению подходов к ведению бизнеса и составу руководителей. На место пришли новые высококвалифицированные менеджеры с опытом работы в успешном бизнесе, которые могут мыслить креативно и принимать нестандартные решения. Благодаря этому компания смогла разнообразить свои грузопотоки по видам грузов и грузоотправителям. Было принято решение нанимать на вакансии только высококвалифицированных специалистов с профильным высшим образованием и опытом работы в железнодорожной отрасли.
Сегодня коллектив компании «Новотранс» является слиянием компетенций высококлассных специалистов.
В декабре 2015 года была создана ремонтная компания «Новотранс» с целью оптимизировать управление вагоноремонтными предприятиями и организовать качественный и оперативный ремонт.